Considerado el primer rector de la Universidad Nacional, después de que Ezequiel Rojas rechazó el cargo por quebrantos de salud. Ancízar luchó por la autonomía universitaria ante los esfuerzos de los poderes ejecutivo y legislativo que deseaban imponer textos y programas. Creó nuevas formas de llegar al conocimiento, a partir de diseños metodológicos importados de Europa. Varios años atrás había hecho parte de la Comisión Corográfica con Agustín Codazzi.